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  • 发布时间:2016-01-20 07:08 | 作者:yc | 来源:互联网 | 浏览:1200 次
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    颠末基因ID文件从fasta文件中获取特定的基因序列

    Extract sequence with header from a fasta file with specific ID given in another file

    近来在进行一些转录组数据的发掘和剖析试验,在实践的数据处置惩罚中,平日需求对方针序列文件进行依据必定前提的遴选,比方这篇文章中所说到的颠末基因ID文件从fasta文件中获取获得特定的基因序列

    1. 拜访网址http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/l果博东方inux.x86_64/

    2. 下载faSomeRecords脚本

    faSomeRecords.txt

    3. 将txt后缀删去(这儿为了上载便利),拷贝到指定的文件夹,运转指令行:

    $ chmod +x faSomeRecords #付与文件可实行权限,为Linux体系下实行

    4. 实行如下指令,进行数据处置惩罚

    ./faSomeRecords db.fasta id.txt query.fasta #其间db.fasta是初始的fasta文件,id.txt列入了需求查找的基因ID,每行一个,query.fasta为输出文件,包括对应ID永利国际娱乐平台的序列信息

    注:这篇文章非自己自创,重要参阅瑞典Mohammad Tanvir Ahamed博士在biostarts中的回覆(https://www.biostars.org/p//),并在此根基上依据我的运用经历进行料理所得

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    此外,extract_seqs_by_sample_id.py 脚本也能够完结这一任务,但其对应的渠道装配过于费事,这儿不多做先容有喜欢的盆友请移步http://qiime.org/scripts/extract_seqs_by_sample_id.html

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